Борис Трајковски за претседател на државата беше избран во 1999 година, функција која ја извршуваше до 26 февруари 2004 година кога загина во авионска несреќа во близина на Мостар, заедно со членови на неговиот кабинет, обезбедувањето и екипажот на леталото
На денешен ден во 2004 година во авионска несреќа во близина на Мостар (Босна и Херцеговина) загина претседателот на државата, Борис Трајковски.
Покрај претседателот, во несреќата животите ги загубија и членовите на неговиот кабинет Димка Илкова-Бошковиќ, Ристо Блажевски и Анита Кришан-Лозановска, дипломатот Миле Крстевски од Министерството за надворешни работи, членовите на обезбедувањето Борис Велинов и Аце Божиновски и пилотите Марко Марковски и Бранко Ивановски.
Со положување цвеќе на гробот на претседателот Трајковски на Градските гробишта „Бутел“ во Скопје и на спомен-обележјата во Ротимље и во Струмица од страна на членови на семејствата, државни и други делегации денеска ќе биде одбележана 21 година од трагичниот настан.
Владиниот „Кингер“, со кој претседателот Трајковски патуваше на Меѓународна конференција за инвестирање во Босна и Херцеговина на 26 февруари 2004 г., се урна на Матиќ Брдо во атарот на селото Хусковиќи, во близина на Мостар.
Авионот требаше да слета на мостарскиот аеродром во 8 часот по локално време. Остатоците од него беа пронајдени 24 часа по паѓањето на авионот.
За причините и околностите за паѓањето на владиниот авион беа спроведени две истраги.
Првата, што ја водеа надлежните македонски и босански органи, покажа дека причина за уривањето се пропусти на екипажот направени во процедурата за приоѓање на мостарскиот аеродром во сложени метеоролошки услови, односно густа магла и облачност.
На барање на македонските власти, по прибирањето дополнителни докази од страна на македонското Министерство за внатрешни работи (МВР), беше отворена нова истрага во јануари 2013 година, што ја водеше меѓународен тим предводен од Омер Кулиќ. И во нивниот извештај како клучни причини за несреќата беа наведени грешки на екипажот и системски пропусти.
Борис Трајковски е роден во Струмица на 25 јуни 1956 година. Беше втор претседател на Република Македонија во периодот од 15 декември 1999 година до 26 февруари 2004 година.
Трајковски дипломирал на Правниот факултет во Скопје во 1980 година, а специјализира деловно право и право на работни односи.
Од 21 декември 1998 година ја извршуваше функцијата заменик-министер за надворешни работи во Владата предводена од Љубчо Георгиевски. Трајковски, исто така, беше претседател на Комисијата за надворешнополитички односи на ВМРО-ДПМНЕ, главен политички советник за надворешна политика на претседателот на партијата, член на Претседателството на невладината организација Паневропско движење за Република Македонија и на меѓународната конференција „Решавање на конфликти“ со седиште во Атланта, САД. Бил претседател на младината на Обединетата методистичка црква во поранешна Југославија повеќе од 12 години.
За претседател на Република Македонија беше избран во 1999 година.